既にはてな運営さんに報告済みなのでそのうち直ると思いますが。
例えばカテゴリ名が「C#」にようになっている場合、記事タイトル直下に表示されるカテゴリのリンク先が「…/category/C#」のようになっており、「#」はハッシュ扱いになるので結局のところ「C」カテゴリに飛ぶ形になってしまっていました。正しくは「…/category/C%23」に飛ぶようになっていなければならないところでしょう(たぶん)。
とりあえずはてな側の対応が行われるまでの暫定対応ですが、ウチの場合は以下のスクリプト埋め込みによりカテゴリリンク先修正の対応をしています。
$('a[href*="/category/"]').each(function(){ var url = $(this).attr('href'); if(url.match(/#/)){ $(this).attr('href', url.replace(/#/g, '%23')); } });